1801 წელს, რუსეთის იმპერატორმა ალექსანდრე პირველმა, რომლის მომხრეებმაც მოკლეს მისი მამა – იმპერატორი პავლე, დაამტკიცა მამის გადაწყვეტილება, ქართლ-კახეთის სამეფოს გაუქმებისა და რუსეთის იმპერიაში შეყვანის შესახებ.
დაირღვა გეორგიევსკის ტრაქტატიც და ქართლ-კახეთის ბოლო მეფის, გიორგი მეთორმეტესა და რუსეთის იმპერატორ პავლე პირველს შორის არსებული შეთანხმებაც, ქართლ-კახეთის სამეფოს შენარჩუნების შესახებ.
9 წლის მერე რუსეთის იმპერიამ გააუქმა იმერეთის სამეფო და ისიც ძალით დაიკავა.
შემდეგი ნაბიჯი არანაკლებ ვერაგული იყო. 1811 წელს რუსებმა გააუქმეს ყოვლადწმიდა ღვთისმშობლის კურთხევით, წმიდა ანდრია პირველწოდებულის მიერ დაარსებული ეკლესიის ავტოკეფალია და აღმოსავლეთ საქართველოს ეკლესია რუსეთის ეკლესიას შეუერთეს. მსოფლიო მართლმადიდებლური სამყაროსთვის თვალის ასახვევად, საქართველოს ეკლესიის მმართველად დაინიშნა ეგზარქოსი, რაც გარე მიწების მმართველს ნიშნავს. სინამდვილეში კი, ქართული ეკლესია დაუქვემდებარეს რუსულს და გადაიყვანეს რუსულ ყაიდაზე. ქართველების მოსატყუებლად, პირველ ეგზარქოსად დანიშნეს ქსნის ყოფილი ერისთავის ვაჟი, მთავარეპისკოპოსი ვარლაამი. თუმცა, მალე გადააყენეს და რუსი დანიშნეს ეგზარქოსად.
1812 წელს აჯანყებამ იფეთქა კახეთში.
1814 წელს რუსეთის იმპერიამ გააუქმა მეორე ქართული ეკლესია, აფხაზეთის (იმერეთის) საკათალიკოსო. 1817 წელს საქართველოს ეგზარქოსად დაინიშნა თეოფილაქტე რუსანოვი (1765-1821), მიტროპოლიტი (საქართველოს ეგზარქოსი 1817-1821 წლებში), პირწავარდნილი იმპერიალისტი-ჩინოვნიკი. რა არის გასაკვირი, რუსეთის იმპერიაში თავად რუსულ ეკლესიასაც კი აღარ ჰქონდა ავტოკეფალია. პეტრე პირველმა გააუქმა რუსეთის პატრიარქის თანამდებობა. ამგვარად, რუსეთის ავტოკეფალია ამ დროისათვის შეზღუდული, ფაქტობრივად, გაუქმებული იყო. რუსეთის ეკლესიას მართავდა სინოდი, რომლის სათავეში საერო პიროვნება, იმპერატორის მიერ დანიშნული ობერ-პროკურორი იდგა. რუსული ეკლესია დამპყრობლურ იარაღად იყო ქცეული. რუსების მმართველები, რომლებიც ასე ექცეოდნენ თავის დედა ეკლესიას, ქართულ ეკლესიას რატომ დაინდობდნენ. მით უმეტეს, ქართველთა დამორჩილებისთვის ქართული ეკლესიის გაუქმება აუცილებელ პირობად მიაჩნდათ.
ეგზარქოსი თეოფილაქტე ებრძოდა ქართულ ენას. მან წამოიწყო „საეკლესიო რეფორმა“ – დახურა უამრავი ქართული ეკლესია, გააუქმა არაერთი ეპარქია, დაიწყო აღწერა საეკლესიო ქონებისა, რათა ქონება იმპერიის ხაზინისთვის გადაეცა. გადასახადი გაუზარდა საეკლესიო გლეხებს, ნატურით გადასახადი ფულადი გადასახადით შეუცვალა, რაც ურთულესი იყო გლეხობისთვის.
„1811 წლამდე ქართულ ეკლესიას ჰქონდა 15 ეპარქია ქართლში, კახეთსა და სამცხეში, 7 –  იმერეთში, 2 – სამეგრელოში, 2 – გურიაში. ამჟამად ქართველებს აქვთ ერთი ეპარქია იმერეთში, ერთი – გურიაში, ერთი – აფხაზეთში და 2 საქორეპისკოპოსო – ქართლში. 1818 წლიდან ქართლის, კახეთისა და მცხეთის ეპარქიებს მართავს ეგზარქოსი, რომელმაც არ იცის მრევლის ენა. 1811 წლიდან დაიხურა 15 მონასტერი და 800-ზე მეტი ეკლესია. აი, საქართველოში რუსული სასულიერო ბიუროკრატიის თვითნებობისა და მართვის ნაყოფი“ - წერდა რუსი მოღვაწე ნიკოლოზ დურნოვო. დურნოვო ასევე გვიამბობს: იმერლები ჩიოდნენ: „ჩვენ დიდი ხნის განმავლობაში ბიწიერი აგარიანების ხელში ვიყავით, ბევრი ტანჯვა-წამება გადავიტანეთ, მაგრამ აგარიანელნი ჩვენს სასულიერო საქმეებს არ შეხებიან. ჩვენ ის ხალხი ვართ, სარწმუნოება თითქმის ქრისტეს ჯვარცმის დროიდან რომ შევინარჩუნეთ და იმ იუდებზე უფრო საძულველნი ვერ გავხდებით, რომლებიც რუსეთის მმართველობის სახელით პარპაშობენ.
ჩვენს მწუხარებას საზღვარი არა აქვს, როდესაც ვხედავთ, როგორ ხურავენ ჩვენს წმიდა ეკლესიებს, როგორ გვაშორებენ სულის გადარჩენაზე მზრუნველ მღვდლებს, როგორ გვართმევენ სახალხო ქონებით შემკულ ჯვრებსა და ხატებს და ბოლოს, როგორ ასხვისებენ საეკლესიო ქონებას, რომელიც საუკუნეების განმავლობაში სისხლითაა შეძენილი ან ჩვენი უწინდელი მეფეების მიერ საჩუქრადაა გადმოცემული”.
„საეკლესიო რეფორმებს“ დასავლეთ საქართველოში პირადად  თეოფილაქტე ხელმძღვანელობდა. მოსახლეობა ძალიან უკმაყოფილო იყო. იმდენად ნაძირალა იყო თეოფილაქტე, რომ დურნოვომ გარყვნილი უწოდა:
„გარყვნილი თეოფილაქტე, რომელიც ავიწროებდა და სულს ართმევდა ყველა ადგილობრივ მღვდელმთავარს, თხრიდა საფლავებს, თავისი უწმინდური ხელი შეახო თვით საქართველოში ქრისტიანობის გამავრცელებლის, წმიდა ნინოს საფლავს. მანამ არ მოისვენა, სანამ ღვთის განგებამ ბოლო არ მოუღო მის ავკაცობასა და თავაშვებულობას: ის მოკვდა წმიდა ნინოს საფლავთან დამბლის დაცემით და ჭიებმა შეჭამეს“;
1819 წელს, იმერეთში საეკლესიო აჯანყებამ იფეთქა რუსეთის იმპერიის წინააღმდეგ – „საეკლესიო ბუნტი“, როგორც მას უწოდებენ. პატრიოტებს გაუჩნდათ იმედი ქართული სახელმწიფოებრიობის (იმერეთის სამეფოს) აღდგენისა.
იმერლებმა მოიწვიეს ირანში მყოფი ალექსანდრე ბატონიშვილი. მან ვერ შეძლო ჩამოსვლა.  მერე ერთმა ნაწილმა არჩევანი ივანე აბაშიძეზე შეაჩერა, როგორც სოლომონ პირველის შვილიშვილზე. რუსებმა ვერ დააპატიმრეს აბაშიძე. შეშინებული თეოფილაქტე იმერეთიდან ტფილისში დაბრუნდა და რუსულ მმართველობას აჯანყების მეთაურთა დასჯას მოსთხოვა.
აჯანყება კარგად ორგანიზებული არ იყო. იყო ღალატის არაერთი შემთხვევა. რა თქმა უნდა, რუსებმა გაიმარჯვეს, რადგან სწრაფად ამოქმედდნენ და სასტიკად იქცეოდნენ. დამპყრობებმა სწრაფად მოახერხეს და ტყვედ აიყვანეს აჯანყების ბევრი მოთავე. დაიკავეს გზები და სტრატეგიული ადგილები. რუსული ჯარი კარგად იყო შეიარაღებული, ზარბაზნებს უშენდნენ არა მარტო აჯანყებულებს, არამედ სოფლებსაც. რუსეთის იმპერიამ აჯანყება სისხლში ჩაახშო, დახოცეს უამრავი ადამიანი, დააპატიმრეს მეთაურები, ზოგი ჩამოახჩვეს, ზოგი ციმბირში გადაასახლეს. არაერთი სოფელი მიწასთან გაასწორეს, მაგალითად, სოფელი ფუტიეთი და სხვა სოფლები დასავლეთ საქართველოში. მიწასთან გაასწორეს შემოქმედის ციხე. მოსახლეობას უმკაცრესად გაუსწოდრნენ, ანადგურებდნენ ყანებსაც კი, რათა დიდხანს დამახსოვრებოდათ ქართველებს სასჯელი და ვეღარ გაებედათ აჯანყება. 
ღამით დააპატიმრეს ქართველი მღვდელმთავრებიც, ქუთათელი მიტროპოლიტი დოსითეოზი და გაენათელი მიტროპოლიტი ექვთიმე (ეფთვიმე).
„მიტროპოლიტების დაპატიმრება იოლი როდი იყო და სიფრთხილეს მოითხოვდა, რათა ხალხის აღშფოთება არ გამოეწვია.” – წერდა ნიკოლოზ დურნოვო. „მათი დაპატიმრებისთვის ბნელი ღამე შეარჩიეს. ეგზარქოსის ნების წყალობით მიღებული ზომები „სრული წარმატებით დაგვირგვინდა”.
ღირსი დოსითეოზ ქუთათელი (წერეთელი) იყო აფხაზეთის კათალიკოსის მოსაყდრე, შესაძლოა ნაკურთხიც იყო კათალიკოსად. არის ვარაუდი, რომ მან უარი თქვა იმერეთის კათალიკოსის წოდებაზე, რათა აღმოსავლეთ და დასავლეთ საქართველოს ეკლესიები გაერთიანებულიყო.
ღირსი ექვთიმე გაენათელი (შარვაშიძე), იმერეთის მეფის, სოლომონ პირველის კარზე იყო სიყმაწვილიდან. მასზე ზრუნავდა აფხაზეთის კათალიკოსი იოსები (ბაგრატიონი) და დაახლოებით, 1778 წელს, გაენათის ეპარქია ჩააბარეს. 1820 წლამდე ის გაენათის კათედრას განაგებდა მიტროპოლიტის ხარისხით.
1787 წელს, მიტროპოლიტმა ეფთვიმემ საფუძვლიანად განაახლა წმიდა ნიკოლოზის ეკლესია გელათის კომპლექსში. ის ცდილობდა განადგურებული სოფლების აღდგენას. სოფელ ბოსლევში ხელახლა დაასახლა გლეხები, ააშენა სოფელი მუხაღრუა და იქ ეკლესიაც ააგო. მიტროპოლიტი აქტიურად მონაწილეობდა საეკლესიო და სახელმწიფოებრივი საკითხების გადაწყვეტაში.
ორივე დიდი პატრიოტი იყო. მიტროპოლიტები, 1789 წელს, სხვა იმერელ მამულიშვილებთან ერთად, ტფილისში ჩამოვიდნენ და ცდილობდნენ, მეფე ერეკლე მეორე დაერწმუნებინათ, იმერეთის სამეფო შეერთებინა ქართლ-კახეთის სამეფოსთვის.
წმიდა დოსითეოზ ქუთათელმა წამებას ვერ გაუძლო და გარდაიცვალა. მას თავზე ჩამოცმული ჰქონია ტომარა და ისე უწყალოდ ექცეოდნენ, რომ მოხუცი გაიგუდა... ასე აწამეს ერთმორწმუნეებმა ქართველი მღვდელმთავარი. ცხედარი ანანურში ჩაიტანეს. კარგა ხანს დაბნეული იყვნენ რუსები, არ იცოდნენ რა ექნათ და თითქმის 4 დღის შემდეგ, მონასტრის ეზოში დამარხეს.
სამშობლოდან გადასახლებული წმიდა მიტროპოლიტი გარდაიცვალა 1822 წლის 21 აპრილს.
ორივე მღვდელმთავარი ქართულმა ეკლესიამ წმიდანად შერაცხა.